Dự kiến, phiên tòa phúc thẩm dự kiến diễn ra trong ba ngày (11- 13/7/2022). Hội đồng xét xử phúc thẩm trong vụ án gồm ba người, do Thẩm phán Nguyễn Hải Thanh làm chủ tọa.
Trong 7 bị cáo của vụ án, chỉ có ba bị cáo có kháng cáo. Trong đơn kháng cáo, bị cáo Nguyễn Đức Chung đề nghị Hội đồng xét xử cấp phúc thẩm xem xét lại bản án sơ thẩm; các bị cáo Nguyễn Thị Kim Tuyến (cựu Trưởng phòng, Sở Kế hoạch và Đầu tư thành phố Hà Nội) và Phạm Thị Thu Hường (cựu Chánh Văn phòng Sở Kế hoạch và Đầu tư thành phố Hà Nội) có đơn đề nghị tòa xem xét giảm nhẹ hình phạt.
Trong phần thủ tục, Hội đồng xét xử cho biết phiên tòa vắng mặt một số người có quyền và nghĩa vụ liên quan, nhân chứng, giám định viên. Tuy nhiên, họ đã có lời khai trong quá trình điều tra và phiên tòa sơ thẩm. Ngoài ra, một số người có đơn xin xử vắng mặt. Điều này không làm ảnh hưởng đến phiên phúc thẩm.
Trong vụ án này, Tòa sơ thẩm xác định bị cáo Nguyễn Đức Chung có hành vi can thiệp để Công ty Nhật Cường trúng hai gói thầu số hóa. Trước đó, tại phiên xét xử sơ thẩm, ông Chung bị Tòa án nhân dân thành phố Hà Nội tuyên phạt 3 năm tù về tội “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ”.
Theo bản án sơ thẩm, gói thầu số hóa dữ liệu đăng ký doanh nghiệp do Sở Kế hoạch và Đầu tư làm chủ đầu tư. Tuy vậy, quá trình thực hiện các gói thầu, từ đề xuất của Bùi Quang Huy (Tổng Giám đốc Công ty Nhật Cường), bị cáo Nguyễn Đức Chung chỉ đạo dừng thầu trái quy định. Trong quá trình sửa đổi gói thầu, ông Chung còn yêu cầu Sở này lựa chọn công nghệ số hóa cơ sở dữ liệu doanh nghiệp để đảm bảo tích hợp với hệ thống dùng chung của thành phố, trong khi đến nay Hà Nội chưa có hệ thống cơ sở dữ liệu dùng chung.
Tòa sơ thẩm xác định, bị cáo Chung phạm tội nghiêm trọng, hành vi của bị cáo là nguy hiểm cho xã hội, ảnh hưởng đến việc lựa chọn nhà thầu khách quan, minh bạch; xâm phạm hoạt động đúng đắn của cơ quan nhà nước, làm ảnh hưởng uy tín, hình ảnh của cơ quan công quyền thuộc UBND thành phố Hà Nội.
Các bị cáo tại Sở Kế hoạch và Đầu tư thành phố Hà Nội tiếp nhận chỉ đạo này và thực hiện can thiệp bất hợp pháp vào hoạt động đấu thầu bằng việc sửa đổi hồ sơ mời thầu, tạo lợi thế cho liên danh Đông Kinh – Nhật Cường trúng thầu. Các bị cáo tại Công ty Đông Kinh cùng với Công ty Nhật Cường thiết lập “quân xanh” để thông thầu, sau khi trúng thầu lại chuyển nhượng trái phép cho nhau để hưởng lợi.
Hội đồng xét xử đánh giá hành vi của các bị cáo đã làm sai lệch kết quả lựa chọn nhà thầu, dẫn đến hiệu quả, mục đích, yêu cầu gói thầu không đạt được (chỉ có 45% tài liệu hồ sơ được đẩy lên hệ thống thông tin quốc gia về đăng ký doanh nghiệp), gây thiệt hại cho Nhà nước hơn 26 tỷ đồng.
Trong vụ án này, Bùi Quang Huy là người khởi xướng, chủ mưu, chỉ huy việc thực hiện tội phạm nên có vai trò chính. Tuy nhiên, do Huy đang bỏ trốn, cơ quan điều tra đã ra quyết định truy nã, khi nào bắt được sẽ xử lý.
Tại phiên tòa sơ thẩm, bị cáo Nguyễn Văn Tứ (cựu Giám đốc Sở Kế hoạch và Đầu tư Hà Nội) bị tuyên mức án 30 tháng tù; Nguyễn Tiến Học (cựu Phó Giám đốc) lĩnh 2 năm 6 tháng tù; Phạm Thị Kim Tuyến (cựu Trưởng phòng) 4 năm 6 tháng tù; Phạm Thị Thu Hường (cựu Chánh văn phòng) 3 năm 6 tháng tù. Hai bị cáo Võ Việt Hùng (cựu Giám đốc Công ty Đông Kinh) nhận mức phạt 4 năm tù và Lê Duy Tuấn (cựu Giám đốc kinh doanh công ty này) 3 năm 6 tháng tù giam.